Die config.json und die weiteren config files müssen in /var/homebridge liegen. Anschließend kannst du mit dets Tool so oft du willst Node, homebridge und Plugins deinstallieren und installieren, da deine config in /var/homebridge nicht angetastet wird und du solltest immer wieder eine laufende homebridge mit deiner bestehenden Konfiguration haben.
Ich würde also den aktuellen Ordner in dem deine config.json liegt sichern, dets Image auf die sdkarte spielen und damit quasi bei 0 anfangen, das Image Booten, deine gesicherten Daten anschließend in /var/homebridge verschieben und die hbridge_plugin.inst Datei in /home/pi mit all deinen Plugins ergänzen. Dann einmal hbridge_new install ausführen. Am Ende der Installation solltest du eine funktionierende homebridge mit deiner alten Konfiguration und aktuellem Node haben, viel einfacher gehts eigentlich nicht.