Wenn du den persist Ordner auch gesichert hast und wiederherstellst, dann könntest du Glück haben.
Bei mir war nach erneutem Koppeln bisher immer alles weg 
Die Regeln sind ja unter iOS gespeichert und nicht in der Homebridge.
Verbinde dich über SSH. Mach mal einen reboot über Terminal am Mac. Falls du hast und stoppe vorher die Homebridge. Du hast doch Autostart von Homebridge? Windows kenne ich mich nicht aus. Zumindest hat es bei meiner lahmenden Philips Bridge geholfen und alles wieder gefunden.
Dann hab ich keine Idee.
In HomeKit habe ich den Zugriff von Philips abgeschaltet. Bei mir läuft es nur über Homebridge. Hatte das Gefühl bei beidem kommt es zu Konflikten. IOS Einstellungen über Suche zu finden. HomeKit eingeben.
Zeigt es in Terminal Fehler beim Start von Homebridge?
dann geht wohl nur auswerfen und neu einrichten
oder wie verlässt du die gestartete Homebridge?
vllt wird sie gestoppt
Das hatte ich unter iOS 10 auch teilweise, mehrfaches starten der App hat die Geräte meist doch noch angezeigt. Gleichzeitig hatte Elgato EVE keine Probleme mit der Verbindung. Mit iOS 11 (Beta) funktioniert es nun wieder.
Hallo nochmals, wenn ich in der config.json die mac Adresse ändere. Kann ich die HB normal als neues Gerät hinzufügen. Nur sind dann leider die ganzen Automationen weg. Das ist alles sehr blöde...
...und verwirrend! 
1. Gehe in Terminal auf den Raspi
2. Aus der Befehlesammlung den Befehl kill all Hombridge (bitte heraus kopieren)
3. Raspi neu starten (Homebridge sollte automatisch starten und wieder sichtbar sein)
Nicht nochmals schauen ob die Homebridge läuft.
Einfach Home öffnen. Evtl. warten damit sich der Homeserver abgleichen kann 15min
Natürlich vorher in der Config die alte Mac Adresse eintragen
Geräte antworten nicht...
Richte es neu ein. Es kostet dich nur viel Zeit und Nerven. Wer weiß, was am Ende schief gelaufen ist.
Und immer ein Backup anfertigen von der funktionierenden Raspi SD.
