Ich habe meine Homebridge ebenfalls auf einer Synology unter Docker laufen.
Festplattenzugriffe habe ich auch, aber nie so, dass es störend wirkt. Auch nicht dauernd.
Die Frage ist natürlich, bei deinen dürftigen Infos, was alles so sonst noch an Synologydiensten und anderen Plugins, außer der Homebridge läuft?