Moin Staub,
dann fange ich mal an deine Fragen hoffentlich verständlich aufzulösen 
Das Gehäuse der normalen Awtrix beträgt: 35 x 10,3 x 3 cm. Inzwischen bietet Blueforcer, der das Projekt betreibt, auch eine Pro-Version mit eigener Matrixplatine und kleinerem Gehäuse an, welches aber im Preis dann deutlich teuer wird. Sieht aber auch sehr edel aus, wobei ich meine große auch super finde. Kannst dir im entsprechendem Thread im Forum dort ja mal Bilder ansehen.
Für die Awtrix werden sowohl der Wemos (Controller), als auch ein Server (Host), in welcher Form auch immer (Raspberry, MiniComputer etc.) benötigt. Dabei kümmert sich der Wemos rein um die Ansteuerung der LED-Matrix und ist deshalb auch weiterhin in der Uhr verbaut bei mir. Auf dem Server (Host), welcher inzwischen auf meinem HomeServer läuft, läuft die Java-Software, die quasi das Herzstück ist und die ganze Logik, Apps, Web-Oberfläche etc. mit sich bringt. Es sind also wirklich zwei separate Teile, die für die Awtrix benötigt werden und beide werden auch separat voneinander upgedatet. Dadurch, dass mein Host nun auf den HomeServer gewandert ist (Java-Software in einem Linux Container), lasse ich Host und Controller per WiFi kommunizieren und verzichte auf die serielle Verbindung. Das läuft auch alles in allem butterweich und nur ganz selten tritt mal ein Ruckler auf.
Er hat sich wohl auch mal damit befasst, die Ansteuerung der LED-Matrix ohne einen Wemos umzusetzen, aber da gab es wohl Probleme, weshalb diese Idee verworfen wurde. Genaueres müsstest du aber auch im dortigen Forum finden. Kann dir nämlich gerade nicht sagen, woran es scheiterte.
Das "zweite Bild" auf Thingiverse zeigt in diesem Fall die Awtrix Pro, mit abweichenden Maßen zu den von mir oben genannten. Es gibt auch hier die verschiedenen Varianten:
1. Beide im Gehäuse und seriell verbunden. Wemos hierbei on the fly angeschlossen. Ein Netzteil bespeist beide Teile.
2. Beide im Gehäuse und seriell verbunden. Wemos auf im Shop angebotenen PCB. Ein Netzteil bespeist beide Teile.
3. Wemos im Gehäuse und Server (Raspberry) außerhalb.
Ich hoffe ich konnte dir mehr oder weniger gut aushelfen. Sollten noch weiterhin Fragen bestehen, so werde ich auch diese versuchen zu beantworten. Ansonsten kannst du einfach dort mal im Forum und in der sehr guten Dokumentation https://awtrixdocs.blueforcer.de/#/de-de/README stöbern.