Ich bin bei der Problemlösung folgendermaßen vorgegangen und habe dies mit einem frischen System noch einmal erfolgreich reproduziert:
1. Entfernen der "Altlasten"
sudo npm uninstall homebridge-eq3ble -g
sudo npm uninstall homebridge-platform-eq3btsmart -g
Im Anschluss habe ich über
meine laufende Instanz überprüft und gesehen, dass dort noch Node v9.9.0 lief.
2. Downgrade von Node
sudo npm cache clean -f
sudo npm install -g n
sudo n 9.9.0
3. Neuinstallation der Plugins
sudo npm install -g --unsafe-perm homebridge-eq3ble
sudo npm install -g --unsafe-perm homebridge-platform-eq3btsmart
4. Installation der Bluetooth Abhängigkeiten
sudo apt-get install bluetooth bluez libbluetooth-dev libudev-dev
5. Installation von setcap
sudo apt-get install libcap2-bin
6. "Running without root"
sudo setcap cap_net_raw+eip $(eval readlink -f `which node`)
Zuletzt folgenden Eintrag in der config.json von Homebridge einfügen:
{
"platform" : "eq3BTSmart",
"name" : "Kein Name"
}
Nach einem Restart der Homebridge erscheinen alle Heizkörper automatisch in HomeKit und müssen dort nur noch korrekt benannt werden (Initialname = MAC Adresse).
PS: Ich habe die Anleitung nach bestem Wissen und Gewissen erstellt und bin damit reproduzierbar zum gewünschten Erfolg gekommen. Ob wirklich jeder Schritt notwendig oder sinnvoll ist, kann ich daher nicht mit Sicherheit sagen. 
Vielleicht funktioniert das Ganze auch mit einer neueren Node Version, dies habe ich nicht mehr getestet.