Über die Phoscon App kann man Backup seiner Deconz Installation anlegen und jederzeit auf einem neuen Gerät wiederherstellen.
Vereinfacht gesagt läuft die Software aber auf deinem Raspberry Pi, nicht auf dem Conbee. Der ist eig. "nur" deine Funkantenne für Zigbee-Geräte.
USB-Sticks gehen vermutlich am ehesten durch die vielen Schreibvorgänge kaputt. Die Schreibvorgänge laufen aber auf deiner SD-Karte im Pi, nicht aufn dem Conbee-Stick. Ich würde mir mehr Gedanken um ein Backup deiner SD-Karte als um den Conbee Stick machen.