Mir nichts bekannt. Es gibt cachedAccessories, aber das ist nur dann relevant, wenn in Homekit gelöschte Geräte weiterhin angezeigt werden.
Die Automationen werden in Homekit erstellt, Homebridge macht nichts anderes als Geräte nach Homekit durchzureichen, die von Haus aus kein Homekit können. Ergo ist das einzige, was passieren kann, dass in Homekit angelegte Automationen "leer" sind, in denen vorher Homebridge-Geräte enthalten waren, die nach dem Update nicht mehr durchgereicht werden.
Lässt sich prüfen, indem man schaut ob alle Geräte aus Homebridge noch in Homekit da sind.
Die Raumzuordnung und die Automationen laufen aber in Homekit, damit hat "eigentlich" Homebridge und das Updaten dieser nichts zu tun.