Genau, deine Fritzbox ist der DHCP-Server. Sie liefert jedem angeschlossenen Gerät im Netzwerk die IP-Adresse, die Subnet-Mask, die IP des Gateways (also des Routers) und die Adresse des DNS. Darüber hinaus liefert sie einen Zeitstempel (lease time), wie lange diese Information gültig ist und wie lange die angeschlossenen Netzwerkgeräte nicht wieder erneut danach fragen müssen. Diese lease time kann 120 Jahre betragen oder 15 Sekunden oder irgendeinen anderen Wert. Im allgemeinen beträgt die Zeit, nach der Geräte den DHCP-Server erneut nach Netzwerkinformationen fragen, 24 Stunden.
Da ich keine Fritzbox einsetze, kann ich die nicht sagen, wie die konfiguriert wird. Fakt ist, dass der DHCP-Server der Fritzbox konfiguriert weder muss. Wenn du nur den Fritzbox-DNS so konfigurierst, dass er pihole als nächsten DNS-Server fragen soll, dann werden deine 50 Geräte nie pihole fragen, sondern immer nur die Fritzbox. Und die fragt dann pihole.
Das bedeutet, dass du bei jedem der 50 Geräte pihole als Server eintragen musst, und da man davon blöd wird, bekommt die Aufgabe der DHCP-Server der Fritzbox. Und dann (wahrscheinlich) 24 Stunden warten oder die 50 Geräte neu starten.
Die lease time wird auf jedem der 50 Geräte gespeichert. Es nützt also nichts, die lease time jetzt auf dem Router umzustellen - deine Geräte werden das augenblicklich nicht wissen wollen. Möglicherweise tauchen die in den nächsten Tagen Stück für Stück in deinem pihole auf.