nodejs ist schon die neueste Version (6.16.0-1nodesource1).
Ich würde jetzt versuchen, das node-Geraffel von der Maschine zu entfernen, und zwar alles:
sudo apt-get remove nodejs
Und auch das, was du manuell nach der Anleitung kopiert hast:
sudo rm -f /usr/local/bin/node
sudo rm -rf /usr/local/lib/node_modules
und dann würde ich noch sicherheitshalber das Zeugs, falls es überhaupt dort existiert, in /usr/lib löschen
sudo rm -rf /usr/lib/node_modules
und die Homebridge vernichten
sudo rm -f /usr/bin/homebridge
und danach noch mal Marcos Anleitung ab dem Punkt "Installiere mal die richtige Node-Version für Debian:" folgen.
Stefan