Beende mal die homebridge und lösch dieDatei "cachedAccessories", wenn du sie anschließend die homebridge wieder startest erzeugt sich diese Datei wieder neu und diese Doppelungen sollten weg sein.
Hab das den Entwickler schon mitgeteilt, er meinte in einer der nächsten Versionen wird er schauen dass der Cache vorher gelöscht/geleert wird.